Quinta fase. Nel 1470, sul sagrato antistante la chiesa, il pretore Giulio Bolano fa edificare un’aula a pianta rettangolare, pavimentata con terrazzo alla veneziana e aperta a ovest con un loggiato e una larga scalinata di accesso, composta di due alti gradini. Ricordata nel 1483 dal diarista veneziano
Marin Sanudo come “
Loza Grande”, essa viene demolita un secolo dopo, nel
1573 per lasciar posto ad una
nuova loggia. Questo edificio, che conosciamo grazie alle immagini del Catastico di San Francesco, era più grande e più elevato rispetto al piano della piazza; vi si accedeva da Sud, anziché da ovest, attraverso una facciata ornata da tre archi e da una scalinata di sei gradini.
Questo intervento, obliterando l’accesso principale della chiesa, che viene spostato sul lato sud, implica una
riorganizzazione degli spazi interni dell’edificio sacro: la navata laterale viene consistentemente sopraelevata creando dei salti di quota fra le varie aree della chiesa e per questo viene costruita una scalinata di collegamento con la navata maggiore, i cui resti sono ancora parzialmente visibili.
Sempre in questa fase, inoltre, l’abside della navata laterale viene chiusa con un muro per ricavarne una cappella, decorata con affreschi e adibita a battistero.
Una dettagliata descrizione della chiesa eseguita dal vescovo di Padova Pietro Barozzi
nel 1489, in occasione di una visita pastorale,
indica che a quel tempo erano presenti tre piani d’uso: quello inferiore, corrispondente all’ingresso, era
l’area riservata alle donne; quello superiore nella navata laterale, al quale si accedeva con una scala di pietra, era riservato al
coro dei chierici e degli uomini; e infine quello del
presbiterio sopraelevato di tre gradini era a disposizione del clero officiante.
Sesta fase. Fra gli ultimi anni del 1500 e il 1602 il complesso si arricchisce di
un’ulteriore navata lungo il lato nord che si collega all'aula centrale per mezzo di archi. Dopo il 1571 la parte della navata antistante la cripta fino alla scalinata di collegamento con la navata laterale, viene chiusa con volte e adibita ad uso funerario, pertanto la parte sovrastante, riservata al coro, viene ampliata.
Settima fase. L’evidente “disordine altimetrico” viene meno solo con la ristrutturazione dell’intero complesso, eseguita nel 1709; l’intervento porta al
livellamento dei diversi piani pavimentali colmando di materiale edilizio tutte le aree depresse e alla stesura di una pavimentazione uniforme su tutta l’area della chiesa. Questo restauro eseguito con la costruzione di plinti di cemento posti a sostegno degli archi tra le due navate, vede anche la realizzazione di
ampi vani sepolcrali che provocano una pesante manomissione e talvolta una distruzione delle strutture più antiche. Nel corso dei lavori di ristrutturazione della chiesa il campanile medievale viene inglobato nella sacrestia e
al di sopra della navata posta sul lato nord, nel 1717, viene costruito un nuovo ampio oratorio, la
Sala della Buona Morte. Intorno al
1870, infine, viene edificato sul lato sinistro della chiesa, il
nuovo campanile dalle fattezze genericamente ispirate a modelli medievali.