Prima fase. Il
primo edificio di culto aveva un’aula unica di forma quadrata con tre absidiole orientate a est, una probabile copertura a volta o a cupola e all'entrata un piccolo atrio rettangolare. Lo scavo del deposito archeologico eseguito dietro la zona absidale, che si conserva in alzato per più di due metri, ha restituito diversi materiali ceramici grazie ai quali si può affermare che questa fase costruttiva si colloca
circa tra 750 e 800. Le fondazioni di questa prima chiesa incidono due strati di terreno formatisi uno alla fine dell’Età del Bronzo, e l’altro in età tardoantica o bizantina (450 – 600).
Seconda fase. Intorno al Mille viene eseguito un ampliamento che mantiene inalterato lo schema strutturale e
allunga verso ovest la navata della chiesa, eliminando l’atrio.
Di questa seconda fase è ancora visibile nella facciata attuale la traccia dell’antico ingresso tamponato nel 1470.
Terza fase. Tra il
1150 e il 1200 circa viene aggiunta a settentrione una navata absidata, collegata a quella già esistente mediante una serie di archi e pilastri realizzati demolendo parzialmente il muro perimetrale nord della chiesa altomedievale. La nuova aula aveva un pavimento in cocciopesto, di cui rimangono ancor oggi alcuni frammenti, e disponeva di due ingressi, uno in facciata e l’altro a nord, e di una porta di collegamento tra le zone absidali.
In questo periodo, verosimilmente, viene costruito accanto all’angolo nord orientale della chiesa il campanile, che
oggi vediamo incorporato all’interno del complesso monumentale.
Quarta fase. Un’ultima importante trasformazione è attuata intorno al 1250, nella parte presbiteriale della navata principale con la costruzione di una
cripta intitolata a San Sabino. Il vano seminterrato, ancora oggi visibile, era di forma quadrangolare con absidiola ricompresa all’interno dell’abside centrale della chiesa più antica. Essa era decorata da
affreschi , di cui oggi rimane testimonianza in quello raffigurante San Francesco, che documenta la precoce diffusione del francescanesimo nel Veneto.
La realizzazione della cripta portò alla costruzione di un nuovo presbiterio rialzato al quale si accedeva tramite due scale laterali, mentre il collegamento con la cappella della navata laterale era garantito da una ripida scala in laterizio.