Alla morte di Federico Barbarossa (1190) seguì un periodo di instabilità politica che terminò nel 1220 con l’incoronazione ad imperatore di suo nipote Federico II. In questo lasso di tempo
a Monselice si verificò un’affievolirsi della presenza del potere regio, come dimostrano alcuni documenti in cui è descritto l’intervento di giudici del tribunale di Padova in alcune controversie. In seguito altri fatti dimostrano l'entrata di Monselice nella sfera di influenza padovana attravesro l'avvio di legami economici con alcune famiglie aristocratiche della città.
La supremazia di Padova sull’area euganea si interruppe tra il 1237 e il 1256 a seguito delle vicende legate alla contrapposizione tra l’imperatore Federico II e il potere papale.
L’imperatore voleva realizzare la riunificazione dei territori tedeschi con quelli dell’Italia fino alla Sicilia e in quest’impresa trovò fedeltà e validi alleati in alcuni casati italiani; tra questi emerse per impegno quello dei Da Romano che
con Ezzelino III riuscì a conquistare le città venete di Verona, Vicenza e Padova schierate con il Papa.
Probabilmente Monselice non osteggiò il riaffermarsi del potere imperiale anche se mediato da Ezzelino III, che appariva come uno dei tanti “signorotti” vogliosi di potere.
E’ certo che nel 1239 l’imperatore Federico II fu presente a Monselice e che per suo volere, per dare un forte segno della sua autorità promosse l'edificazione dell’imponente mastio sulla sommità del colle e del
maestoso complesso del Castello.