Le trasformazioni architettoniche subite della chiesa di San Paolo, non hanno favorito la conservazione delle pitture che abbellivano le pareti interne.
Durante i recenti restauri sono state recuperate alcune piccole porzioni di affreschi che, assieme a quelli dell’edicola della cripta, sono una preziosa testimonianza della storia decorativa del complesso monumentale.
La peculiarità di quelli della
cripta è che si tratta della
prima rappresentazione nota in Veneto di San Francesco; il frate è ritratto a figura intera, con i segni delle stigmate e un libro in mano, accanto a lui inginocchiato in preghiera una figura da taluni interpretata come papa Gregorio IX.
L’affresco venne realizzato verso il 1250 da maestranze locali influenzate dallo
stile bizantino; le partiture laterali, raffiguranti probabilmente
San Paolo e San Sabino sono dipinte qualche decennio prima. Gli affreschi, staccati dalla parete sessant’anni fa, sono stati restaurati nel 1999 e depositati temporaneamente al
Museo diocesano di Padova.
All’interno della chiesa
altri lacerti di affreschi si trovano sul muro perimetrale settentrionale della navata laterale aggiunta tra il 1150 e il 1200 e
sulla controfacciata che fu affrescata dopo il 1470 quando venne tamponato l’ingresso principale.
Nella
sala laterale Nord, da cui oggi si accede al complesso espositivo sono conservati
altri residui di intonaci affrescati. Nelle volte a crociera si intravvedono degli angioletti che trattengono con le mani delle nuvole, mentre sulla parete perimetrale Nord spicca l’immagine di Santa Caterina accompagnata da un vescovo, forse
San Sabino. La Santa, riconoscibile dalla foglia di palma, simbolo del martirio, è la protettrice dei mugnai e ciò fa ipotizzare che l’affresco fosse stato commissionato dalla rispettiva confraternita monselicense che qui aveva un altare a lei dedicato.
Non sfugge alla vista il
grande dipinto appeso al soffitto dell’aula centrale raffigurante la glorificazione di San Paolo; il santo è ritratto su una nuvola, accompagnato in cielo da angeli che reggono una spada e un libro, simboli di
San Paolo Apostolo. La tela, forse realizzata sopra ad un precedente dipinto, è stata recentemente attribuita da alcuni studiosi a Pietro Bonatti artista di Adria (Rovigo) vissuto nella seconda metà dell' 800.