Nel 1948 la Chiesa di San Paolo, seppur in pessime condizioni, era ancora adibita a luogo di culto. Solo alcuni anni più tardi, nel 1956, quando è ormai certa la costruzione del nuovo Duomo, essa viene svuotata dei suoi altari, delle tombe custodite sotto la pavimentazione e di ogni arredo sacro e venduta al Comune con la raccomandazione di destinarla a scopi culturali.
L’amministrazione comunale decide di utilizzarla come Auditorium e provvede al consolidamento della facciata, al rifacimento di alcuni tratti di muratura e alla sistemazione del pavimento. Nonostante l’applicazione di pannelli di correzione, però, l’edificio risulta avere una cattiva acustica e dopo qualche anno viene abbandonato. Nel corso dei cinquant’anni successivi si susseguono molti progetti di restauro e valorizzazione della Chiesa e delle sue adiacenze, ma la vera svolta si ha nel 2000, quando grazie agli scavi condotti dalla Soprintendenza archeologica vengono definitivamente messe in luce le strutture primitive della chiesa, risalenti all’alto-medioevo, e si consolidano le conoscenze sulla storia della città.
Tra il 2002 e il 2008, infatti, diversi cantieri archeologici, frutto di interventi di emergenza, condotti sia in centro città che nel territorio circostante, permettono di ricostruire l’evoluzione e le peculiarità dell’insediamento di Monselice dall’età neolitica fino all’alto-medioevo e oltre. I tempi sono ormai maturi perché Monselice abbia un proprio Museo per custodire l’importante patrimonio archeologico e storico-artistico della città, ma soprattutto per contribuire a mantenerne vive la cultura, l’identità, le tradizioni.
Nel 2006 l’Amministrazione comunale provvede al restauro della Chiesa e al suo parziale allestimento, rendendola completamente accessibile grazie alla costruzione dell’ascensore e a un sistema di passerelle e montacarichi e nel 2013, grazie a un finanziamento del GAL Patavino decide di rimettere mano all’allestimento e di trasformare San Paolo nel Museo della Città.
Attualmente è stato ultimato il primo dei tre stralci previsti dal progetto definitivo, grazie al quale si è provveduto alla sostituzione della vecchia illuminazione con un sistema a led, si è dotato il Museo di un impianto audio e wi-fi, sono stati realizzati il sito internet, alcuni pannelli informativi e un audiovisivo. E’ stato inoltre completato parte del secondo stralcio con un importante intervento di deumidificazione del complesso monumentale, fondamentale al fine di ripristinare le condizioni di umidità ideali per accogliere le collezioni museali, ivi compreso il prezioso affresco duecentesco raffigurante San Francesco, ricollocato nella cripta lo scorso febbraio. Nel corso del 2016 si prevede di terminare l’allestimento delle sale dedicate a ospitare i bellissimi reperti archeologici che raccontano la storia più antica della città, dalla preistoria alla fine dell’età romana. Con il terzo stralcio, infine, verrà completato il percorso espositivo con l’allestimento della Sala della Buona Morte che documenterà la storia della città dal Medioevo ai nostri giorni.